星际传奇芯片系统的主要功能是用于英雄属性的强化。芯片在使用时，会有形状上的限制，两块同样形状的芯片不能同时植入到一位英雄体内，所以玩家可以根据英雄的能力和自己队伍的特性，来决定为英雄植入哪些芯片。
当玩家战舰等级达到50级后，可以通过点击主场景中的芯片相关建筑，进入芯片主界面。
芯片研发是获得芯片的主要途径，玩家可以使用水晶进行芯片研发。每次研发都会获得芯片，研发必须从一级开始，每进行一次都会有一定概率晋级，如果未能晋级，则会退回至一级研发。越高级的研发，获得高级芯片的概率也会越大。
玩家可以使用批量研发功能，委托系统瞬间完成10次或100次研发，使用批量研发100次的功能时，系统会把100次研发中获得的低品质芯片自动转化为经验芯片。
玩家可以使用超级研发直接跳转至四级研发。根据使用芯片研发功能的总次数，系统将会自动为玩家解锁研发达人的相关奖励功能。
使用植入芯片的功能，可以选择一名英雄植入已获得的芯片，每个英雄的芯片插槽数量与星级相关联。只有达到35级的英雄才能植入芯片。
植入芯片会花费一定数量的水晶。芯片植入后，英雄的战斗力会有一定的提升，这部分战斗力会在普通战斗力后面的绿色括号中体现。玩家也可以通过英雄界面中的芯片按钮进入该英雄的芯片植入界面。
需要注意的是，芯片具有不同的形状，同样形状的芯片每个英雄同时只能植入一块，玩家需要根据自己的需要选择最合适的芯片组合。研发获得的芯片都是最初级的状态，玩家可以使用升级芯片功能来提升芯片的等级。芯片的经验来源于经验芯片或直接分解其他品质较低的芯片获得。升级后芯片的属性将会有一定的提升。
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